Особое помещение в орнитологическом комплексе занимают колонии морских птиц: на скалах побережья Ольского района располагаются 48 смешанных и моновидовых колоний, ядро их составляют моевки и тихоокеанские чайки. Там же гнездятся беринговы бакланы, очковые чистики и ипатки. На травянистых склонах южного побережья п-ова Кони находятся 3 больших поселения топорков.

Всего перечень птиц включает 173 вида, из которых возле 150 гнездится, однако остальные отмечены на пролете и во пора кочевок.

Птичьи рынки Ямских островов являются крупнейшими никак не только в Охотском море, а и во всей северной Пацифике. Они образованы гнездовьями 8 видов частиковых. На территории заповедника стабильно гнездятся занесенные в Красную книгу России скопа, рыбный филин, сапсан и белоплечий орлан.