Юго-восточные районы (улаганский, Кош-агачский) имеют более суровый климат, с резкими перепадами суточных температур. Зимой тут немного осадков и наблюдается инверсия температур, в какое время в горах на 15-20 °с теплее, чем в межгорных котловинах. Почва глубоко промерзает, и на высотах 2000-2500 м уже распространена островная вечная мерзлота. Юго-западные районы (усть-коксинский, Усть-канский) отличаются от Юго-востоных еще большим уровнем осадков в зимний период, но толщина снежного покрова местами достигает 2-3 метров. Одним из важнейших природных богатств Горного Алтая являются его водные ресурсы. Гидрографическая сеть республики насчитывает более 20 тысяч водотоков с протяженностью более 60 тыс. км и возле 7 тысяч озер общей площадью более 700 кв.км. Наиболее крупные реки - Катунь и Бия, сливаясь, образуют реку Обь - одну из самых крупных рек Сибири. Самое большое озеро Телецкое с площадью водного зеркала - 230,, кв. км и максимальной глубиной - 325 метров. Огромные запасы пресной воды высокого качества заключены в горных озерах Алтая. Только в Телецком озере, которое по праву считается одной из главных достопримечательностей Горного Алтая, более 40 куб. км чистейшей воды. Потенциальные запасы подземных вод оцениваются в 22 000 тысяч куб. м в сутки, известны и источники целебных минеральных вод.